OI ΗΡΩΕΣ ΤΟΥ 1821 

Ως αναγνώριση των υπηρεσιών του, του προσφέρθηκε το αξίωμα του πολιτάρχη της απελευθερωμένης πόλης. Έτσι ερχόταν σε άμεση επαφή με τους Έλληνες που υπέφεραν από διάφορες αυθαιρεσίες από τον φρούραρχο της Ακρόπολης Γιάννη Γκούρα. O Μακρυγιάννης εγκαταλείπει το Κάστρο της Αθήνας και πηγαίνει στη Σαλαμίνα  όπου συναντά τον Νικηταρά, ο οποίος τον παροτρύνει να επιστρέψει στην Ρούμελη. Πηγαίνει κατευθείαν στην Βελίτσα όπου συναντά τον Ανδρούτσο ο οποίος θα προσπαθήσει να τον προσεταιριστεί να πάρουν από τον Γκούρα το κάστρο της Ακρόπολης.Το 1823 συνεργαζόμενος με το σώμα του Νικηταρά συμμετείχε σε μια σειρά στρατιωτικών επιχειρήσεων στην Στερεά Ελλάδα.

Με την άφιξη του Όθωνα, ο Μακρυγιάννης επιθυμεί να εκφράσει την νομιμοφροσύνη του στον νέο ηγεμόνα υποβάλλοντας μάλιστα υπομνήματα για την αποκατάσταση των αγωνιστών. Μάλιστα ο Όθωνας θα προσφερθεί να βαφτίσει το τέταρτο παιδί του-ονομάστηκε Όθωνας- δείχνοντάς του την βασιλική εύνοια. Στα τέλη Μάρτη 1833 διορίστηκε ταγματάρχης στο πρώτο από τα δέκα τάγματα ακροβολιστών που συστήθηκαν. Με δεδομένη την μέχρι τότε επιτυχία του σε θέσεις αστυνομικών καθηκόντων του ζητείται να συμμετάσχει σε μια από τις επιτελικές θέσεις της υπό σύσταση χωροφυλακής αλλά αρνείται. Στις αρχές του 1840 συμμετείχε στις κινήσεις για την απελευθέρωση της Θεσσαλομακεδονίας και της Κρήτης. Τα επόμενα χρόνια εντάσσεται στις συνωμοτικές κινήσεις των αντιφρονούντων. Κατηγορούμενος για προετοιμασία κινήματος στην Αθήνα, τίθεται υπό στενή παρακολούθηση από τις αρχές.Στις δημοτικές εκλογές του Μαΐου 1841 εκλέχτηκε σύμβουλος με την μερίδα του Καλλιφρονά και δήμαρχο τον Ανάργυρο Πετράκη.